Forschung spielt seit der Gründung der Schola Cantorum Basiliensis – 1933 als «Lehr und Forschungsinstitut für Alte Musik» gegründet – eine bedeutende Rolle.
Heute besteht die Forschungsabteilung aus mehreren fest angestellten Mitarbeitenden, unterstützt von Kolleginnen und Kollegen aus der Lehre, und den Projektmitarbeitenden. Wichtig ist zum einen die Einbindung der Forschung in aktuelle Fragen der Historischen Musikpraxis und damit dem Unterricht, zum anderen der Kontakt mit der internationalen Musikforschung. Dies dokumentiert sich in erfolgreichen Forschungsprojekten und Kooperationen, und wird durch den Wissenschaftlichen Beirat der Schola Cantorum Basiliensis gefördert.